屏除培養基養份不夠或細胞濃度太高等因素，搖瓶式細胞培養需注意剪切力(shearing)的問題，轉速太快則剪切力太高會對細胞造成傷害進而增加死亡率；反之轉速太低則攪拌力不夠，細胞容易堆疊結塊，細胞團塊的內部不易接收到養份同樣較容易死亡。

各種細胞所適宜的shaking轉速不一定相同，即使參考原廠的轉速條件培養，但由於shaker的廠牌不一，穩定度或精準度不一定相同，建議各研究人員應再自行做條件測試已達最佳培養轉速。

另外也可額外添加最多1 %的消泡劑降低培養基泡沫形成，增加細胞viability並且不會給細胞帶來壓力。